El a ales această biserică ca necropolă domnească atât lui, cât şi urmaşilor familiei sale, aici fiind îngropaţi domnitorii Moldovei pâna în timpul lui Alexandru cel Bun, dar şi rudele familiilor domnitoare.
Biserica a îndeplinit în decursul timpului un rol istoric, religios şi cultural deosebit. În timpul domniei lui Alexandru cel Bun (1400-1432), biserica a devenit reşedinţă episopală, episcopii de Rădăuţi avându-şi reşedinţa în incinta mănăstirii.
Între anii 1479-1482, Stefan cel Mare a pus pe mormintele celor şase prinţi ai Moldovei lespezi frumos sculptate, decorate cu motivul obişnuit al împletiturilor, deosebite de la o lepede la alta, având inscripţii în limba slavona. La intrarea în biserică, se află o pisanie datând din perioada lui Bogdan al III-lea (1517). Domnitorul Bogdan al III-lea (1504-1517) a dăruit mănăstirii 800 de zloti, episcopii de Rădăuţi obligându-se să slujească un parastas în seara din Duminica mironosiţelor, iar dimineaţa o liturghie, cât va trăi domnitorul. După moartea sa, în fiecare dimineaţă trebuia să se slujească o liturghie şi seara un parastas pentru mântuirea sufletului domnitorului, după cum atestă o lespede de piatră amplasată la 8 decembrie 1517 pe peretele nord-estic al altarului, lângă nişa care serveşte ca proscomidiar.
Biserica a fost restaurată în timpul domniei lui Alexandru Lapusneanu, care i-a adăugat un pridvor închis în faţă în anul 1559 şi a înlocuit chenarele unor ferestre cu altele noi, de factură gotică. Există o pisanie în limba slavonă lângă uşa sudică, în care sunt relatate următoarele: "Cu bunăvoinţa Tatălui, ajutorul Fiului şi săvârşirea Sf. Duh s-a început şi zidit acest pridvor bisericesc de evlaviosul şi închinătorul Treimii, Domnul Io Alexandru Voievod, Domnul Ţării Moldovei, în anul 7067 (=1559) luna iunie 30, sub episcopul chir Eutimie".
În secolul al XVII-lea şi la începutul secolului al XVIII-lea, aici au fost copiate mai multe lucrări bisericeşti (un tetraevanghel în limba slavonă - 1613 etc.). În anul 1744, episcopul Varlaam (1734-1745) a înfiinţat aici o tipografie în care a tipărit mai multe cărţi bisericeşti, printre care şi Ceaslovul din 1745 aflat şi astăzi în colecţia Mănăstirii. Totuşi, în 1750, odată cu alegerea episcopului Iacob Putneanul ca mitropolit al Moldovei, tipografia a fost mutată la
În anul 1775, nordul Moldovei a fost anexat de către Imperiul Habsburgic în urma unei înţelegeri cu Imperiul Otoman, reprezentanţii Moldovei nefiind nici măcar consultaţi. În anul 1781 s-a construit un turn clopotniţă, dar peste numai un an, în 1782, reşedinţa episcopală a fost transferată la Cernauti. Ca urmare a acestor evoluţii istorice, în vara anului 1783, Mănăstirea Bogdana a fost desfiinţată, Biserica "Sf. Nicolae" a fost transformată în biserică parohială (de mir), o parte din chiliile existente în jurul bisericii au fost demolate, iar o altă parte transformate în grajduri pentru caii garnizoanei austriece staţionate aici. În anul 1876 a fost construită aici o casă parohială.
În anul 1918, când Bucovinaa intrat în componenţa Regatului Roman, Mănăstirea Bogdana nu a mai fost reînfiinţată, iar Biserica "Sf. Nicolae" a rămas biserică parohială până în ultimele decenii ale secolului al XX-lea când a fost închisă de regimul comunist, fiind considerată monument istoric.
La data de 6 decembrie 1992, Mănăstirea Bogdana a fost reînfiinţată de către arhiepiscopul Pimen Zainea al Sucevei şi Rădăuţilor cu obşte de călugări, fiind instalat ca stareţ arhimandritul Teodor Pavlo. Acesta a trecut la cele veşnice în 1996, în locul său fiind ales ca stareţ arhimandritul Iustin Dragomir.
Ca urmare a lucrărilor efectuate în ultimul deceniu al secolului al XX-lea, s-a înlocuit în 1996 catapeteasma degradată din lemn de tei a Bisericii "Sf. Nicolae" cu una nouă din lemn de stejar, s-a finalizat în 1998 construcţia unui corp de chilii cu arhondaric şi a unei biserici noi cu hramul "Sf. Ierarh Leontie de la Rădăuţi", care a fost acoperită cu tablă de cupru.
Biserica "Sf. Nicolae" din Rădăuţi a fost aleasă de primii domnitori ai Moldovei ca necropolă domnească, aceasta fiind dovada incontestabilă a primei biserici de piatră din
Pe latura estică a naosului se află patru morminte, aflate în ordinea următoare din colţul sud-estic spre cel nord-estic: Bogdan I (1359-1365), Latcu (1365-1373), Roman I (1391-1394) şi Stefan I (1394-1399). Pe latura vestică a naosului, în colţul nord-vestic, se află 2 morminte: Bogdan, fratele lui Alexandru cel Bun şi Bogdan, fiul lui . Între anii 1479-1482, Stefan cel Mare a pus pe mormintele celor şase prinţi ai Moldovei lespezi frumos sculptate, decorate cu motivul obişnuit al împletiturilor, deosebite de la o lespede la alta, având inscripţii în limba slavona.
